Prigozhin dilahirkan dan dibesarkan di Leningrad (kini Saint Petersburg) di Kesatuan Soviet pada 1 Jun 1961,[21] kepada ibunya Violetta Prigozhina.[22][23][24] Bapanya meninggal dunia awal, dan ibunya menyokong dia dan neneknya yang sakit dengan bekerja di hospital tempatan.[25] Bapa dan bapa tirinya berketurunan Yahudi.[26]

Semasa tahun sekolahnya, Prigozhin bercita-cita menjadi pemain ski merentas desa profesional. Dia dilatih oleh bapa tirinya Samuil Zharkoy, yang merupakan seorang pengajar dalam sukan itu, dan menghadiri sekolah asrama olahraga yang berprestij di mana dia menamatkan pengajian pada tahun 1977.[22][27] Bagaimanapun, kerjayanya dalam sukan akhirnya tidak berjaya.[28]

Pada November 1979, Prigozhin berusia 18 tahun ditangkap mencuri dan dijatuhkan hukuman tergantung. Dua tahun kemudian, pada tahun 1981, dia sekali lagi ditangkap mencuri, dan dijatuhi hukuman penjara 12 tahun kerana merompak, menipu, dan melibatkan remaja dalam jenayah.[29] Dia dan beberapa rakan sejenayah disabitkan kesalahan merompak pangsapuri di kawasan kejiranan mewah. Dia telah diampunkan pada tahun 1988, dan dibebaskan pada tahun 1990.[28] Secara keseluruhan, dia menghabiskan sembilan tahun dalam tahanan.[7]